Štěpán Jurajda je od roku 2004 stálým profesorem Mellon Endowment na CERGE-EI a členem výkonného a dozorčího výboru CERGE-EI. Od ledna 2009 do prosince 2013 působil jako ředitel CERGE Univerzity Karlovy a Ekonomického ústavu Akademie věd ČR (EI), kde je řádným profesorem a vedoucím vědeckým pracovníkem. Profesuru obhájil na Univerzitě Karlově, kde také obdržel Zlatou pamětní medaili. Habilitoval se v oboru ekonomie na Fakultě sociálních věd UK a získal Cenu Otto Wichterleho pro mladé vědecké pracovníky udělovanou Akademií věd ČR. Je rovněž členem CEPR v Londýně a IZA v Bonnu. Prof. Jurajda působil také jako hostující vědecký pracovník na katedře ekonomie Princetonské univerzity. Byl členem výkonného výboru Evropské asociace ekonomů práce a předsedou Ekonomického panelu a Výboru pro společenské a humanitní vědy při Grantové agentuře ČR. Získal stipendium Fernanda Braudela Senior Fellowship při Evropském univerzitním institutu a stal se členem Rady vlády ČR pro výzkum, vývoj a inovace. Byl členem Národní ekonomické rady vlády ČR.