Peter Šebo získal doktorát z mikrobiologie v roce 1990 v Mikrobiologickém ústavu Československé akademie věd v Praze. V letech 1990-95 působil jako postdoktorand u Agnes Ullmannové v Pasteurově ústavu v Paříži a v roce 1995 založil Laboratoř molekulární biologie bakteriálních patogenů v Mikrobiologickém ústavu AV ČR v Praze, kterou od té doby vede. V roce 2008 založil a vedl Biotechnologický ústav AV ČR a navrhl výzkumné centrum BIOCEV ion Vestec u Prahy. Peter působí také jako profesor mikrobiologie na Vysoké škole chemicko-technologické v Praze, kde vyučuje předmět o molekulárních mechanismech bakteriální virulence. Jeho výzkum se zaměřuje na molekulární a buněčné mechanismy působení bakteriálních toxinů, například na působení toxinu adenylátcyklázy, a na biologii a mechanismy virulence Bordetella pertussis. Peter se také podílí na práci na vývoji terapeutických a profylaktických vakcín. V roce 2013 byl zvolen členem EMBO a v roce 2016 členem Evropské mikrobiologické akademie.