Jiří Hejnar vede Oddělení virové a buněčné genetiky na Ústavu molekulární genetiky Akademie věd České republiky. Jeho vědecká aktivita nyní a v průběhu celé kariéry se soustředila na retroviry, zejména ptačí leukózový a sarkomový virus, virus lidské imunodeficience a lidský endogenní retrovirus HERVWE1 (syncytin-1). Hlavními zájmy jsou epigenetika a latence, vstup virů a jejich specifické receptory a mechanismy vrozené imunity hostitele. Jiří Hejnar řešil projekt 6. rámcového programu EU (Xenome, 2006-2010) a Praemium Academiae (2019-2024).